Saray'ın ana yapısı; Mâbeyn-i Hümâyûn (Selâmlık), Muâyede Salonu (Tören Salonu) ve Harem-i Hümâyûn adlarını taşıyan üç bölümden oluşur. Mâbeyn-i Hümâyûn; devletin yönetim işleri, Harem-i Hümâyûn; Padişah ve ailesinin özel yaşamı, bu iki bölümün arasında yer alan Muâyede Salonu ise; Padişah'ın devlet ileri gelenleriyle bayramlaşması ve kimi önemli devlet törenleri için ayrılmıştır.

Ana yapı; denize paralel bölüm boyunca bodrumla birlikte üç katlıdır. Harem dairelerinin bulunduğu kara tarafına uzanan bölümde ise musandıra (tavan arası) katlarıyla birlikte dört katlı bir yapı özelliği kazanmaktadır. Biçimde, ayrıntılarda ve süslemelerde gözlenen belirgin Batı etkileri, İmparatorluğun son döneminde değişen estetik değerlerin bir yansımasıdır. Öte yandan mekân örgütlenmesi, oda ve salon ilişkileri açısından, geleneksel Türk Evi plan tipinin çok büyük boyutlarda uygulandığı bir yapı bütünüdür. Beden duvarları taştan, iç duvarları tuğladan, döşemeleri ahşaptan yapılmıştır. Çağın teknolojisine açık olan Saray’a, 1910-1912 yıllarında elektrik ve kalorifer sistemi eklenmiştir. 45.000 m²lik kullanılır döşeme alanı, 285 odası, 44 salonu ve 6 hamamı vardır.

Padişah'ın devlet işlerini yürüttüğü Mâbeyn; işlevi ve görkemiyle Dolmabahçe Sarayı'nın en önemli bölümüdür. Girişte karşılaşılan Medhal Salon, üst kat ile bağlantıyı sağlayan ve protokol özelliği taşıyan Kristal Merdiven, elçilerin ağırlandığı Süferâ Salonu ve Padişah'ın huzuruna çıktıkları Kırmızı Oda; İmparatorluğun tarihsel görkemini vurgulayacak biçimde süslenmiş ve döşenmiştir. Üst katta yer alan Zülvecheyn Salonu; Padişah'ın Mâbeyn'de kendine özel olarak ayrılmış dairesine bir tür geçiş mekânı oluşturmaktadır. Bu özel dairede, Padişah için, mermerleri Mısır'dan getirilmiş görkemli bir hamam, çalışma odaları ve Sultan’ın günlük yaşantısını sürdürdüğü yemek ve dinlenme odaları yer almaktadır. Aynı bölümde bulunan ve Halife Abdülmecid'in kitaplarından oluşan kütüphane dikkat çekici mekânlardandır.